20.500.12556/RUP-23315 Introgression among maternal lineages inferred from complete mitogenomes and molecular dating helps resolve phylogeography of European roe deer Background The European roe deer (Capreolus capreolus) is one of the most widespread ungulates in Europe, with a phylogeographic structure mainly shaped by Pleistocene glacial cycles and secondary contacts with the Siberian roe deer (C. pygargus). Methods We sequenced 52 complete mitogenomes of C. capreolus from Slovenia, Poland and France, and combined them with 24 publicly available sequences of C. capreolus and C. pygargus, yielding an alignment of 76 genomes representing 59 haplotypes (42 from C. capreolus and 17 from C. pygargus). Phylogeographic structure was assessed using a median-joining network, and divergence times were estimated using a time-calibrated Bayesian phylogeny based on mitochondrial coding regions, incorporating published ancient C. pygargus mitogenomes. We additionally screened mitochondrial protein-coding genes for selection. Results The haplotype network recovered the three major European roe deer clades (Eastern, Central, and Western) and detected Central-clade haplotypes in France. Two Polish haplotypes (Cp9 and Cp10), detected in C. capreolus, clustered within the C. pygargus mitochondrial lineage, supporting mitochondrial introgression. Time-calibrated phylogenies placed introgressed haplotypes within established C. pygargus lineages. Selection analyses provided limited evidence for episodic positive selection restricted to a small number of codons. Conclusions Whole mitogenomes improve resolution of roe deer phylogeography and reveal introgressed maternal lineages, while time-calibrated phylogenies and selection tests add evolutionary context for interpreting mtDNA diversity in genus Capreolus. Uvod Evropska srna (Capreolus capreolus) je eden najbolj razširjenih parkljarjev v Evropi, njeno filogeografsko strukturo pa so v veliki meri oblikovali pleistocenski ledeniški cikli in sekundarni stiki s sibirsko srno (C. pygargus). Metode Sekvencirali smo 52 popolnih mitogenomov vrste C. capreolus iz Slovenije, Poljske in Francije ter jih združili s 24 javno dostopnimi zaporedji vrst C. capreolus in C. pygargus, s čimer smo pridobili poravnavo 76 genomov, ki predstavljajo 59 haplotipov (42 pri C. capreolus in 17 pri C. pygargus). Filogeografsko strukturo smo ocenili z uporabo medianega združitvenega omrežja (median-joining network), čase razhajanja pa smo ocenili s časovno umerjeno Bayesovo filogenetsko analizo, ki temelji na kodirajočih regijah mitohondrijskega genoma in vključuje objavljene starodavne mitogenome vrste C. pygargus. Dodatno smo analizirali gene, ki kodirajo mitohondrijske beljakovine, da bi preverili prisotnost naravne selekcije. Rezultati Omrežje haplotipov je potrdilo tri glavne klade evropske srne (vzhodno, osrednjo in zahodno) ter odkrilo haplotipe osrednje klade tudi v Franciji. Dva poljska haplotipa (Cp9 in Cp10), zaznana pri vrsti C. capreolus, sta se uvrstila znotraj mitohondrijske linije vrste C. pygargus, kar podpira pojav mitohondrijske introgresije. Časovno umerjene filogenije so introgresirane haplotipe umestile v že uveljavljene linije vrste C. pygargus. Analize selekcije so pokazale omejene dokaze za epizodično pozitivno selekcijo, omejeno na majhno število kodonov. Zaključek Analiza celotnih mitogenomov izboljšuje ločljivost filogeografskih vzorcev pri evropski srni ter razkriva introgresirane materinske linije. Časovno umerjene filogenije in testi selekcije dodatno osvetljujejo evolucijski kontekst za razumevanje raznolikosti mitohondrijske DNA v rodu Capreolus. mitogenome introgression Bayesian molecular dating Roe deer phylogeography mitogenom introgresija Bayesovo molekularno datiranje srna filogeografija true false true Angleški jezik Slovenski jezik Članek v reviji 2026-07-15 10:27:41 2026-07-15 10:27:45 2026-07-16 03:06:59 0000-00-00 00:00:00 2026 0 0 str. 1-21 article no. Vol. 2026 0000-00-00 PostprintKoncna NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 2026-06-17 599.735.341 2730-7182 10.1186/s12862-026-02540-w 284862723 RAZ_Buzan_Elena_2026.pdf RAZ_Buzan_Elena_2026.pdf 1 E136D9FDD64CB068A8A1DD4F68CEA06A 1e4595be681d5f79c5ed609ce5b0f9137322eda27258ed2e13f6c3d8f238c582 71e1bfcd-8027-11f1-9e8d-005056ac49c0 https://repozitorij.upr.si/Dokument.php?lang=slv&id=34092 https://link.springer.com/article/10.1186/s12862-026-02540-w 1 df458141-8026-11f1-9e8d-005056ac49c0 https://repozitorij.upr.si/Dokument.php?lang=slv&id=34091 Fakulteta za matematiko, naravoslovje in informacijske tehnologije 0 0 0